Perjalanan penyakit sipilis dibagi menjadi 4 tahapan, yaitu tahap primer, sekunder, laten, dan tersier. Tahapan primer biasanya terjadi pada 2 hingga 10 minggu setelah terpapar bakteri Treponema Pallidum. Sipilis sekunder muncul pada 6 minggu hingga 3 bulan setelah paparan bakteri, Sipilis laten yang akan muncul pada masa 1 tahun , dan sipilis tersier yang muncul pada 3 tahun setelah terpapar.
Sipilis Primer
Tanda pertama sifilis biasanya adalah munculnya lesi merah yang disebut chancre (diucapkan shanker). Lesi biasanya terlihat bersih, tidak bernanah, dan sering terasa nyeri. Jika tidak segera diobati, maka lesi ini selanjutnya kaan terisi dengan lendir. Kebanyakan chancres muncul pada penis, anus, dan rektum pada pria, dan pada vulva, leher rahim, dan antara vagina dan anus (perineum) pada wanita. Sangat jarang muncul di bibir, tangan, atau mata. Pada wanita, Luka pada vagina dan dubur mungkin tidak terdeteksi kecuali jika diperiksa oleh dokter. Pembengkakan dan pengerasan kelenjar getah bening di paha bagian dalam dan pangkal paha juga umumnya terjadi dan dapat menyebabkan nyeri. Jika daya tahan tubuh membaik, lesi biasanya sembuh tanpa pengobatan dalam waktu 6 minggu.
Sipilis Sekunder
Pada tahap ini, bakteri patogen telah menyebar melalui darah ke kulit, hati, sendi, kelenjar getah bening, otot, dan otak. Ruam dapat terjadi di seluruh tubuh, tetapi cenderung lebih parah pada telapak tangan atau telapak kaki. Ruam ini tidak gatal. Selain itu lesi juga bermunculan di selaput lendir di seluruh tubuh (mulut dan tenggorokan) dan pada tulang dan organ internal. Pada tahapan ini sipilis menjadi sangat menular, karena bakteri menular melalui sekresi dan lesi. Ruam biasanya sembuh tanpa pengobatan dalam waktu 2 sampai 6 minggu sejak kemunculannya. Gejala lain yang mungkin menyertai adalah demam, sakit tenggorokan, kelelahan, sakit kepala, sakit leher, nyeri sendi, malaise (tubuh lemas), dan rambut rontok.
Sipilis Laten
Tahap laten adalah tahapan sipilis tanpa gejala. Terjadinya sipilis laten dikarenakan bakteri tetap aktif dalam kelenjar getah bening dan limpa. Periode Laten bisa bertahan hingga 30 tahun tanpa menampakkan gejala. Sekitar 30% dari seluruh penderita yang terinfeksi sipilis bertahan dalam keadaan laten.
Sipilis tersier
Tahap akhir ini dikategorikan sebagai tahap pengobatan yang sudah terlambat, dimulai dari 3 tahun atau lebih setelah infeksi. Sekitar 30-40% orang yang terinfeksi sipilis mengalami fase ini. Pada tahap ini bakteri berkembang biak, dan menyebar ke seluruh tubuh, merusak jantung, mata, otak, sistem saraf, tulang, dan sendi. Sipilis dapat menyebabkan demensia, tremor, kehilangan koordinasi otot (ataksia), kelumpuhan, dan kebutaan pada tahapan ini.
